Все обучающиеся в магистратуре ЛФИ МФТИ получают минимальную стипендию в размере 30 тыс. рублей: 15 тыс. рублей выплачивается за счет средств МФТИ, 15 тыс. рублей — за счет средств базовой организации обучающегося. Во время обучения базовые организации трудоустраивают лучших студентов с зарплатой от 50 тыс. рублей.
Все иногородние обучающиеся обеспечиваются общежитием в Долгопрудном или Москве, дополнительно в случае необходимости общежитиями при научных институтах, расположенных в других городах.